18.11.2024 11:00 конференц-зал НЭО НИКС, корпус 42а ЛНФ

"МД (молекулярно-динамические) исследования на моделях белок-поверхностных взаимодействий"

Холмирзо Т. Холмуродов (ЛНФ ОИЯИ)

Представляются исследования компьютерной молекулярной динамики (МД) на нескольких моделях белок-поверхностных взаимодействий. Проведено МД-моделирование фермента алкогольдегидрогеназы и ее кофактора (АДГ+НАД), сольватированных водой, на графитовой углеродной поверхности. Получены картины процесса адсорбции АДГ+НАД в течение 100 наносекундных динамических конформационных и вращательных изменений. МД-анализ обеспечивает картирование ориентационной адсорбции фермента АДГ+НАД, тем самым позволяя детально наблюдать изменение конформации белка в области титруемых аминокислотных остатков АДГ. Далее, на основе расширения реализации МД-моделей, рассматриваются механизмы конформационных изменений во всей системе (АДГ+НАД + вода / графитовая углеродная поверхность), а также ориентационных аспектов всей белковой системы вместе с ключевыми титруемыми аминокислотами. Данные МД-моделирования сопоставляются с экспериментальными наблюдениями.